Windows 2000的磁盘分区包括三种类型的文件系统：、FAT和FAT32。FAT和FAT 32非常相似，只是FAT32更适合于较大容量的硬盘。NTFS文件系统比FAT和FAT32的功能更加强大。
如果希望在Windows 2000和早期操作系统之间建立多重启动，就需要使用FAT或FAT32文件系统。在这种情况下，用户就应该把系统配置成多重启动并在硬盘上用FAT或FAT32分区做为活动分区。这是因为早期的操作系统不能访问NTFS格式的本地硬盘分区。如果服务器不需要配置多重启动功能，用户最好使用NTFS格式的文件系统。
Windows 2000所推荐使用的NTFS文件系统提供了FAT和FAT32文件系统所没有的、全面的性能，可靠性和兼容性。NTFS文件系统的设计目标就是用来在很大的硬盘上能够很快地执行诸如：读、写和搜索这样的标准文件操作，甚至包括像文件系统恢复这样的高级操作。
NTFS文件系统包括了公司环境中文件服务器和高端个人网站制作所需的安全特性。NTFS文件系统还支持对于关键数据完整性十分重要的数据访问控制和私有权限。除了可以赋予Windows 2000计算机中的共享文件夹特定权限外，NTFS文件和文件夹无论共享与否都可以赋予权限。NTFS是Windows 2000 中唯一允许为单个文件指定权限的文件系统。然而，当用户从NTFS卷移动或复制文件到FAT卷时，NTFS文件系统权限和其它特有属性将会丢失。
像FAT文件系统一样，NTFS文件系统使用簇作为磁盘分配的基本单元。在NTFS文件系统中，默认的簇大小取决于卷的大小。在“磁盘管理器”中，用户可以指定的簇大小最大为4k。
Windows 2000包括一个新版本的NTFS，该文件系统在原有的灵活的安全特性（比如域和用户账户数据库）之上又加入了新的特性，如活动目录(Active Directory)Windows 2000中使用的NTFS文件系统支持以下特性：
• 活动目录。使网络管理者和网络用户可以方便灵活地查看和控制网络资源。
• 域。它是活动目录的一部分，帮助网络管理者兼顾管理的简单性和网络的安全性。例如，只有在NTFS文件系统中用户才能设置单个文件的许可权限而不仅仅是目录的许可权限。
• 文件加密。能够大大提高信息的安全性。
• 稀松文件。应用程序生成的一种特殊文件，它的文件尺寸非常大，但实际上只需要少部分的磁盘空间。就是说，NTFS只需要给这种文件实际写入的数据分配磁盘存储空间。
• 其他的数据存储模式。这些模式可以提高存储和修改信息的效率。
• 磁盘活动的恢复日志。它将帮助用户在电源失效或其他系统故障时快速恢复信息。
• 磁盘配额。管理者可以管理和控制每个用户所能使用的最大磁盘空间。
• 对于大容量驱动器的良好扩展性。NTFS中最大驱动器的尺寸远远大于FAT格式的，而且，NTFS的性能和存储效率并不象FAT那样随着驱动器尺寸的增大而降低。
NTFS文件系统是使用Windows 2000所推荐的文件系统。NTFS具有FAT文件系统的所有基本功能，并且提供如下的FAT或FAT32文件系统所没有的优点：
• 更为安全的文件。
• 更好的磁盘压缩性能。
• 支持最大达2TB的大硬盘（NTFS可支持的最大磁盘容量比FAT的大得多，而且随着磁盘容量的增大，NTFS的性能不像FAT那样随之降低）。
• 双重启动配置（在同一台计算机上同时安装有Windows 2000和其他操作系统）。
