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清明节后第一天从画一张图开始

iseeyu3年前 (2024-02-21)推广136

11.png

来吧，这个图的复现不见得简单，不信大家可以尝试一下：

首先来学习一下ggrepel包

用法是geom_text(label)_repel(aes(x,y,label=,….)),text和label的区别我在这里就不多说了，大家都应该知道
我们主要来学习一下参数：

segment.color:连接点与标签的线段的颜色
segment.size:线段的粗细
segment.alpha:线段的透明度
box.padding:文本框周边填充
point.padding:点周围填充
arrow:grid:arrow提供的箭头
force:强制性将重叠文本散开
max.oter:最大迭代次数
nudge_x/y:标签开始位置在坐标轴的移动距离
direction:允许标签的方向，x、y or both

接下来我们要开始这张图的复现了。

首先加载包

library(ggplot)
library(repel)

文件的准备

图片.png

是不是很熟悉？？？就是Seurat的差异分析的结果

为了复现这张图，我们需要对数据进行一定的处理
添加P值标签和label

x$label = ifelse(x$p_val_adj < 0.01 , "adjusted P-val < 0.01","adjusted P-val >= 0.01")
y  =   0.00001
x$gene = ifelse(x$p_val_adj < y , x$gene_name,"")

数据里多了两列label和gene

接下来，我们要画图了

p = ggplot(x,aes(x$cluster,x$avg_logFC,color = x$label,size = 1)) + geom_jitter()

图片.png

添加标签

p = p + geom_text_repel(aes(x$cluster,x$avg_logFC,label = x$gene))

图片.png

gene的标签太多了，我们适当减少一点

y = 0.0000000000001
ggplot(x,aes(x$cluster,x$avg_logFC,color = x$label)) + geom_jitter(size = 0.5) + geom_text_repel(aes(x$cluster,x$avg_logFC,label = x$gene))

图片.png

但是大家发现了没有，gene的标签字体是红色，我们需要黑色

ggplot(x,aes(x$cluster,x$avg_logFC,color = x$label)) + geom_jitter(size = 0.5) + geom_text_repel(aes(x$cluster,x$avg_logFC,label = x$gene,color = 'black'))

图片.png

可见，设置color不听指挥，这是什么原因呢？听过我讲R语言课程的同学应该知道，绘图对象对我们后续的操作产生了干扰，我们需要调整一下

p = ggplot(x) + geom_jitter(aes(x$cluster,x$avg_logFC,color = x$label),size= 0.8) + geom_text_repel(aes(x$cluster,x$avg_logFC,label = x$gene))

图片.png

添加主题

 p = p + theme_classic()

图片.png

我们先把点的颜色调整和图一致

p = p + scale_color_manual(values = c('red','black'))

图片.png

接下来我们要绘制一些细节了

p  = p + labs(x= 'Cluster',y = 'avgerage logFC', color = '')+ theme(axis.line.x = element_blank(),axis.text.x = element_blank(),axis.ticks.x = element_blank())

然后是图例点的大小和位置(根据自己的需求进行调整)

p = p +guides(color = guide_legend(override.aes = list(size = 5))) + theme(legend.position = c(0.9,0.9))

图片.png

然后调节各个文本的大小

p = p+ theme(axis.title = element_text(size = 15,family = 'font'),axis.text = element_text(size = 10),legend.text = element_text(size = 10))

图片.png

接下来就要加柱子了

对数据集新加一列,这部分什么作用，我就不多说了，大家自己琢磨一下吧

x$bar  = 0
for (i in 0:11){
  x[which(x$cluster == as.numeric(i)),][1,11] = 0.4
}
x$bar_1 = 0
for (i in 0:12){
  x[which(x$cluster == as.numeric(i)),][1,12] = -0.4
}

好，添加柱子

p = p+ geom_bar(aes(x$cluster,x$bar,fill = as.factor(x$cluster)),stat= 'identity') +scale_fill_discrete(guide =F) + geom_bar(aes(x$cluster,x$bar_1,fill = as.factor(x$cluster)),stat= 'identity') +scale_fill_discrete(guide =F)

图片.png

好，马上就要大功告成了。
设置一下颜色梯度

defined_cols = c('#e6194b', '#3cb44b', '#ffe119', '#4363d8', '#f58231', '#911eb4', '#46f0f0', '#f032e6', '#bcf60c', '#fabebe', '#008080', '#e6beff', '#9a6324')
p = p + scale_fill_manual(values = defined_cols,guide = F)

图片.png

好，更进一步了，接下来就是添加文本

###创建数据集
x = c(0,1,2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12)
y = c(0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0)
label = x
zhao = data.frame(x,y,label)
p = p + geom_text(data= zhao,aes(zhao$x,zhao$y,label=zhao$label),size = 10)