2：手动添加显著性标记。

library(ggplot2)
### 设置横线的四个点的位置
df2 <- data.frame(a = c(2,2,3,3), b = c(8,8.1,8.1,8))
ggplot(iris, aes(x=Species, y=Sepal.Length))+
  geom_boxplot()+
  ### 按照设定的位置绘制线
  geom_line(data = df2, aes(x = a, y = b)) + 
  ### 添加显著性标记信息
  annotate("text", x = 2.5, y = 8.2, label = "***", size = 8) 

该方法的缺点是：在手动添加显著性时，需要确认显著性的P值的大小。

方法2-使用ggsignif

1：下载并安装ggsignif包。

install.packages("ggsignif")

2：创建数据，绘制箱线图。

library(ggplot2) 
library(ggsignif)
ggplot(iris, aes(x=Species, y=Sepal.Length)) +
  geom_boxplot()

3：利用ggsignif R包添加显著性标记。

library(ggplot2) 
library(ggsignif)
ggplot(iris, aes(x=Species, y=Sepal.Length)) +
geom_boxplot() +
### 添加两两比较的列的信息
geom_signif(comparisons = list(c("versicolor", "virginica")),
### P值<0.05，则显示
map_signif_level=TRUE)

方法3-使用ggpubr

1：下载并安装ggpubr包。

install.packages("ggpubr")

2：创建数据，绘制箱线图。

library(ggpubr)
### 添加两两比较的列表
my_comparisons <- list(c("setosa", "versicolor"), c("setosa", "virginica"), c("versicolor", "virginica"))
ggboxplot(iris, x="Species", y="Sepal.Length",color = "Species",palette = "jco", add = "jitter")

3：利用ggpubr R包添加显著性标记。

library(ggpubr)
my_comparisons <- list(c("setosa", "versicolor"), c("setosa", "virginica"), c("versicolor", "virginica"))
ggboxplot(iris, x="Species", y="Sepal.Length",color = "Species",palette = "jco", add = "jitter")+
  ### 添加多组比较的统计学结果
  stat_compare_means(label.y = 9.5)+
  ### 添加每个两两比较的显著性标记位置信息
  stat_compare_means(comparisons=my_comparisons, label.y = c(7.6, 8.4, 8.0), label ="p.signif")

该R包可以增加多个组间的p-value值，还可以增加指定组的组间比较。

相信大家了解了三种添加的方法，如果你们有什么更好的方法或者其他想要分享的，也欢迎给我们投稿。