主要区别在于使用步骤和独立性，依托资源！

使用方面：小程序不用安装，打开使用即可。APP需要先安装才能使用。使用体验差距不是很大。

独立性：小程序基于微信，所以必须装微信才能使用。APP是独立的软件，安装自身就可以使用了。

依托资源：小程序可以方便的引流微信的用户资源，这是小程序的独家优势。APP则没有这个天然优势。